藻类、菌类和地衣类均为低等植物。在形态上无根、茎、叶的分化，是单细胞或多细胞的叶状体或菌丝体，可以分枝或不分枝。在构造上一般无组织分化，无中柱和胚胎。
第一节 藻类（Algae）
藻类植物含有各种不同的色素，能进行光合作用，生活方式为自养。不同的藻类因含特殊的色素，使藻体显不同的颜色。各种藻类的光合作用产物及贮藏养分不同。藻类常含多聚糖、糖醇、糖醛酸、氨基酸及其衍生物、胆碱、蛋白质、甾醇以及碘、钾、钙、铁等无机元素。
与药用关系密切的藻类主要在褐藻门、红藻门，少数在绿藻门。
绿藻多数生活在淡水中，极少数在海水中。植物体蓝绿色；贮存的养分主要是淀粉，其次是油类。药用的绿藻有石莼及孔石莼等。
红藻绝大多数生长在海水中。多数种类呈红色至紫色。贮存的养分通常为红藻淀粉，有的为可溶性红藻糖。药用的红藻有鹧鸪菜、海人草等。
褐藻是藻类中比较高级的一大类群，绝大多数生活在海水中。植物体常呈褐色。贮存的养分主要是可溶性的褐藻淀粉、甘露醇和褐藻胶，细胞中常含碘，如海带中含碘量高达0．34％。多以藻体入药，如海藻、昆布等。
第二节 菌类（Fungi）
菌类一般不含有光合作用的色素，不能进行光合作用，营养方式为异养。与药用关系密切的是细菌门和真菌门。
细菌是单细胞植物，无真正的核，大多数不含叶绿素，细胞壁主要由蛋白质、类脂质和多糖复合物组成，一般不具纤维素壁。其中放线菌是抗生素的主要产生苗，迄今已知的抗生素中，有2／3是由放线菌产生的，如氯霉素、链霉素、金霉素、土霉素、四环系等。
真菌不同于细菌的是：真菌都有细胞核，细胞壁大多具有几丁质成分，少数含有纤维素。真菌的营养体除少数原始种类是单细胞外．一般都是由多数分枝或不分枝，分隔或不分隔的菌丝交织在一起，组成菌丝体。储藏的营养物质是肝糖、油脂和菌蛋白，而不含淀粉。
中药药用以真菌门为主，真菌类中药以子囊菌纲和担子菌纲为最多。
子囊菌的主要特征是在特殊的子囊中形成于囊抱子，如冬虫夏草、蝉花、竹黄等药用菌。
担子苗的主要特征是不形成子囊，而依靠担子形成担孢子来繁殖，药用的部分主要是子实体（如马勃、灵芝等）和菌核（如猪苓、茯苓、雷丸等）。
菌类常含多糖、氨基酸、生物碱、蛋白质、蛋白酶、甾醇和抗菌素等成分。其中多糖类加灵芝多糖、茯苓多糖、猪苓多糖、银耳多糖、云芝多糖等有增强免疫及抗肿瘤作用。
菌类中药常见的名词术语有：
1．菌丝 组成真菌的每一根细丝或一个分枝叫菌丝。
2. 菌丝体 组成一个真菌菌体的菌丝总称菌丝体。
3. 疏丝组织 组成菌丝体的菌丝为长形细胞，且菌丝或多或少相互平行排列，这种菌丝组织称为疏丝组织。
4.拟薄壁细织 组成菌丝体的菌丝细胞为椭圆形或近圆形，或近于多角形，这种菌丝组织称为拟薄壁组织。
5.菌核 由疏丝组织和拟薄壁组织组成的坚硬团块，为抵抗外界不良环境的休眠体，当条件良好时能萌发产生子实体，如茯苓。
6.子实体 真菌（多是高等真菌）经过有性过程，形成能产生抱子的结构，称子实体。如灵芝。
7.子座 是容纳子实体的菌丝褥座。子座形成后，常在其上或其内产生于实体
第三节 地衣类（Lichenes）
地衣是藻类和真菌共生的复合体。具有独特的形态、结构、生理和遗传等生物学特性。地衣中共生的真菌绝大多数为子囊菌，少数为担子菌；藻类是蓝藻及绿藻。它们的形态分为壳状、叶状或枝状。构造也不相同。枝状地衣内部构造呈辐射状，具有致密的外皮层、薄的藻孢层及中轴型的髓，如松萝科的地衣。
地衣具特有的地衣酸、地衣色素、地衣多糖、蒽醌类、地衣淀粉。最特殊的是地衣酸类，有的只存在于地衣体中。大约有50％的地衣类含有抗菌活性物质，如抗菌消炎的松萝酸。常用的地衣类中药如松萝。
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